Сектор за финансијско управљање, рачуноводство и контролинг обавља послове који се односе: израду предлога приоритетних области финансирања Министарства и предлога финансијског плана у поступку доношења Закона о буџету на основу достављених прилога унутрашњих јединица Министарства; израду годишњег плана извршења буџета, израду оперативних финансијских планова и расподеле средстава индиректним корисницима; предлагање интерних аката за успостављање финансијског управљања и контроле и успостављање и вођење регистра стратешких ризика; надзор над стручним радом и пружање стручне помоћи индиректним корисницима; пројектовање, развој и функционисања информационог система и обрачуна права из надлежности министарства; контролу преузимања обавеза, праћење основаности плаћања и плаћања из области: борачко-инвалидске заштите, социјалне заштите, породично правне заштите, заштите особа са инвалидитетом, рада и запошљавања, као и опште финансијске послове којима се обезбеђује извршавање послова из делокруга Министарства; усаглашавање главне књиге Трезора са помоћним евиденцијама Министарства и помоћних евиденција министарства са извештајима о извршењу буџета индиректних корисника у циљу израде периодичних, консолидованих и годишњег извештаја о извршењу буџета и завршног рачуна и друге послове из ове области.
У Сектору за финансијско управљање, рачуноводство и контролинг образоване су четири уже унутрашње јединице:
1) Одсек за финансијско управљање и контролу;
2) Одељење за обрачун и обраду података;
3) Одељење за контролу, платни промет и рачуноводство;
4) Одсек за развој и одржавање информационог система и техничку подршку.
У току 2019. године у склопу реформе управљања јавним финансијама и укључивања 209 индиректних корисника буџета и информациони систем за извршење буџета, преузима део надлежности над управљањем финансијским средствима код својих индиректних корисника буџета.